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3 : Annexes - Biologie

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3 : Annexes

Qu'est-ce que l'annexe? Un organe vestige, ou un avec un but ?

Le rôle de l'appendice a longtemps été un mystère, mais certains experts pensent maintenant avoir enfin découvert sa fonction.

Le rôle de l'appendice a longtemps été un mystère, mais certains experts pensent maintenant avoir découvert sa fonction.

L'appendice est un tube mince d'environ quatre pouces de long qui fait partie de votre tractus gastro-intestinal (GI). (1)

Le tractus gastro-intestinal est un groupe complexe d'organes, dont chacun aide votre corps à digérer et à absorber les aliments.

Votre tractus gastro-intestinal supérieur comprend votre œsophage, votre estomac et la première partie de votre intestin grêle, appelée le duodénum.

Le tractus gastro-intestinal inférieur est composé de la majeure partie de votre intestin grêle et de tout votre gros intestin, qui comprend le côlon, le rectum et le canal anal. (2)


Contenu

La présentation de l'appendicite aiguë comprend des douleurs abdominales, des nausées, des vomissements et de la fièvre. Au fur et à mesure que l'appendice devient plus enflé et enflammé, il commence à irriter la paroi abdominale adjacente. Cela conduit à la localisation de la douleur dans le quadrant inférieur droit. Cette migration classique de la douleur peut ne pas être observée chez les enfants de moins de trois ans. Cette douleur peut être provoquée par des signes et peut être sévère. Les symptômes comprennent des signes localisés dans la fosse iliaque droite. La paroi abdominale devient très sensible à une légère pression (palpation). Il y a une douleur intense dans la libération soudaine d'une tension profonde dans le bas-ventre (signe de Blumberg). Si l'appendice est rétrocaecal (localisé derrière le caecum), même une pression profonde dans le quadrant inférieur droit peut ne pas provoquer de sensibilité (appendice silencieux). En effet, le caecum, distendu par le gaz, protège l'appendice enflammé de la pression. De même, si l'appendice se trouve entièrement dans le bassin, il y a généralement une absence totale de rigidité abdominale. Dans de tels cas, un toucher rectal suscite une sensibilité dans la poche recto-vésicale. La toux provoque une sensibilité ponctuelle dans cette zone (pointe de McBurney), historiquement appelée signe de Dunphy.

L'appendicite aiguë semble être le résultat d'une obstruction primaire de l'appendice. [17] [10] Une fois que cette obstruction se produit, l'appendice se remplit de mucus et gonfle. Cette production continue de mucus entraîne une augmentation des pressions dans la lumière et les parois de l'appendice. L'augmentation de la pression entraîne une thrombose et une occlusion des petits vaisseaux, ainsi qu'une stase du flux lymphatique. À ce stade, la récupération spontanée se produit rarement. Au fur et à mesure que l'occlusion des vaisseaux sanguins progresse, l'appendice devient ischémique puis nécrotique. Lorsque les bactéries commencent à s'échapper à travers les parois mourantes, du pus se forme à l'intérieur et autour de l'appendice (suppuration). Le résultat final est une rupture appendiculaire (un « appendice éclaté ») provoquant une péritonite, qui peut entraîner une septicémie et éventuellement la mort. Ces événements sont responsables de la douleur abdominale à évolution lente et d'autres symptômes couramment associés. [12]

Les agents responsables comprennent les bézoards, les corps étrangers, les traumatismes, les vers intestinaux, la lymphadénite et, le plus souvent, les dépôts fécaux calcifiés appelés appendicolithes ou fécalithes. [18] [19] L'apparition d'obstructions fécales a attiré l'attention car leur présence chez les personnes souffrant d'appendicite est plus élevée dans les pays développés que dans les pays en développement. [20] De plus, un fecalith appendiculaire est généralement associé à une appendicite compliquée. [21] La stase fécale et l'arrêt peuvent jouer un rôle, comme le démontrent les personnes atteintes d'appendicite aiguë ayant moins de selles par semaine par rapport aux témoins sains. [19] [22]

L'apparition d'un fécalite dans l'appendice a été attribuée à un réservoir de rétention fécale du côté droit dans le côlon et à un temps de transit prolongé. Cependant, un temps de transit prolongé n'a pas été observé dans les études ultérieures. [23] La maladie diverticulaire et les polypes adénomateux étaient historiquement inconnus et le cancer du côlon était extrêmement rare dans les communautés où l'appendicite elle-même était rare ou absente, comme diverses communautés africaines. Des études ont impliqué une transition vers un régime occidental pauvre en fibres dans les fréquences croissantes d'appendicite ainsi que les autres maladies coliques susmentionnées dans ces communautés. [24] [25] Et il a été démontré que l'appendicite aiguë survenait avant le cancer du côlon et du rectum. [26] Plusieurs études offrent des preuves qu'un faible apport en fibres est impliqué dans la pathogenèse de l'appendicite. [27] [28] [29] Cette faible consommation de fibres alimentaires est en accord avec l'apparition d'un réservoir fécal du côté droit et le fait que les fibres alimentaires réduisent le temps de transit. [30]

Le diagnostic repose sur les antécédents médicaux (symptômes) et l'examen physique, qui peuvent être étayés par une élévation des globules blancs neutrophiles et des examens d'imagerie si nécessaire. Les histoires se divisent en deux catégories, typiques et atypiques.

L'appendicite typique comprend plusieurs heures de douleurs abdominales généralisées qui commencent dans la région de l'ombilic avec une anorexie, des nausées ou des vomissements associés. La douleur "se localise" alors dans le quadrant inférieur droit où la sensibilité augmente en intensité. Il est possible que la douleur se localise dans le quadrant inférieur gauche chez les personnes atteintes de situs inversus totalis. L'association douleur, anorexie, leucocytose et fièvre est classique.

Les antécédents atypiques n'ont pas cette progression typique et peuvent inclure une douleur dans le quadrant inférieur droit comme symptôme initial. L'irritation du péritoine (revêtement intérieur de la paroi abdominale) peut entraîner une augmentation de la douleur lors des mouvements, ou des secousses, par exemple le passage des dos d'âne. [31] Les antécédents atypiques nécessitent souvent une imagerie par échographie ou tomodensitométrie. [3]

Clinique Modifier

    : Augmentation de la douleur à la palpation avec le doigt dans le petit triangle rectangle (peut être un Shchetkin-Bloomberg positif). [32] : Augmentation de la douleur à la palpation au niveau de la région iliaque droite car la personne examinée est allongée sur le côté gauche par rapport à lorsqu'elle est allongée sur le dos. [32] : Augmentation de la douleur dans le quadrant inférieur droit avec toux. [33] : Le patient refuse de manger (l'anorexie est à 80 % sensible à l'appendicite) [34]
  • Signe de Kocher (casher) : à partir des antécédents médicaux de la personne, début de la douleur dans la région ombilicale avec un déplacement ultérieur vers la région iliaque droite. [32] : Développé et populaire dans le sud-ouest de l'Angleterre, l'examinateur exécute un mouvement ferme avec son index et son majeur à travers l'abdomen du processus xiphoïde vers la fosse iliaque gauche et droite. Un signe de Massouh positif est une grimace de la personne examinée lors d'un balayage du côté droit (et non gauche). [35] : La personne évaluée est allongée sur le dos avec la hanche et le genou tous deux fléchis à quatre-vingt-dix degrés. L'examinateur tient la cheville de la personne d'une main et le genou de l'autre. L'examinateur fait pivoter la hanche en éloignant la cheville de la personne de son corps tout en permettant au genou de se déplacer uniquement vers l'intérieur. Un test positif est une douleur avec rotation interne de la hanche. [36] , également connu sous le nom de "signe d'Obraztsova", est une douleur du quadrant inférieur droit qui est produite soit par l'extension passive de la hanche droite, soit par la flexion active de la hanche droite de la personne en décubitus dorsal. La douleur provoquée est due à une inflammation du péritoine recouvrant les muscles psoas-iliaques et à une inflammation des muscles psoas eux-mêmes. Redresser la jambe provoque des douleurs car cela étire ces muscles, tandis que fléchir la hanche active les psoas-iliaques et provoque des douleurs. [36] : Douleur dans le quadrant abdominal inférieur droit avec palpation profonde continue en partant de la fosse iliaque gauche vers le haut (sens antihoraire le long du côlon). L'idée est qu'il y aura une pression accrue autour de l'appendice en poussant le contenu de l'intestin et l'air vers la valve iléo-caecale provoquant des douleurs abdominales du côté droit. [37] : Augmentation de la douleur dans la région iliaque droite lorsque la personne examinée est allongée sur le côté gauche. [38]
  • Signe de Perman : Dans l'appendicite aiguë, la palpation dans la fosse iliaque gauche peut produire une douleur dans la fosse iliaque droite. Emil Samuel Perman 1856-1946

Analyse de sang et d'urine Modifier

Bien qu'il n'y ait pas de test de laboratoire spécifique pour l'appendicite, une numération formule sanguine (CBC) est effectuée pour vérifier les signes d'infection. Bien que 70 à 90 % des personnes souffrant d'appendicite puissent avoir un nombre élevé de globules blancs (WBC), de nombreuses autres affections abdominales et pelviennes peuvent entraîner une augmentation du nombre de globules blancs. [39] En raison de sa faible sensibilité et spécificité, le WBC n'est pas considéré à lui seul comme un bon indicateur d'appendicite. [14]

Une analyse d'urine ne montre généralement pas d'infection, mais elle est importante pour déterminer l'état de la grossesse, en particulier la possibilité d'une grossesse extra-utérine chez les femmes en âge de procréer. L'analyse d'urine est également importante pour écarter une infection des voies urinaires comme cause de douleurs abdominales. La présence de plus de 20 GB par champ à fort grossissement dans l'urine est plus évocatrice d'un trouble des voies urinaires. [39]

Imagerie Modifier

Chez l'enfant, l'examen clinique est important pour déterminer quels enfants souffrant de douleurs abdominales doivent recevoir une consultation chirurgicale immédiate et lesquels doivent bénéficier d'une imagerie diagnostique. [40] En raison des risques pour la santé d'exposer les enfants aux rayonnements, l'échographie est le premier choix préféré, la tomodensitométrie étant un suivi légitime si l'échographie n'est pas concluante. [41] [42] [43] La tomodensitométrie est plus précise que l'échographie pour le diagnostic de l'appendicite chez l'adulte et l'adolescent. La tomodensitométrie a une sensibilité de 94 %, une spécificité de 95 %. L'échographie avait une sensibilité globale de 86 %, une spécificité de 81 %. [44]

Échographie Modifier

L'échographie abdominale, de préférence avec échographie doppler, est utile pour détecter l'appendicite, en particulier chez les enfants. L'échographie peut montrer la collection de liquide libre dans la fosse iliaque droite, ainsi qu'un appendice visible avec un flux sanguin accru lors de l'utilisation du Doppler couleur, et la non-compressibilité de l'appendice, car il s'agit essentiellement d'un abcès muré. D'autres signes échographiques secondaires d'appendicite aiguë comprennent la présence de graisse mésentérique échogène entourant l'appendice et l'ombrage acoustique d'un appendicolithe. [45] Dans certains cas (environ 5 %), [46] l'échographie de la fosse iliaque ne révèle aucune anomalie malgré la présence d'une appendicite. Ce résultat faussement négatif est particulièrement vrai pour l'appendicite précoce avant que l'appendice ne soit considérablement distendu. En outre, les résultats faussement négatifs sont plus fréquents chez les adultes où de plus grandes quantités de graisse et de gaz intestinaux rendent la visualisation de l'appendice techniquement difficile. Malgré ces limitations, l'imagerie échographique avec des mains expérimentées peut souvent faire la distinction entre l'appendicite et d'autres maladies présentant des symptômes similaires. Certaines de ces affections comprennent une inflammation des ganglions lymphatiques près de l'appendice ou une douleur provenant d'autres organes pelviens tels que les ovaires ou les trompes de Fallope. Les échographies peuvent être réalisées soit par le service de radiologie, soit par le médecin urgentiste. [47]

Échographie montrant une appendicite et un appendicolithe [48]

Échographie montrant une appendicite et un appendicolithe [48]

Échographie d'un appendice normal pour comparaison

Un appendice normal sans et avec compression. L'absence de compressibilité indique une appendicite. [45]

Tomodensitométrie Modifier

Lorsqu'elle est facilement disponible, la tomodensitométrie (TDM) est devenue fréquemment utilisée, en particulier chez les personnes dont le diagnostic n'est pas évident sur l'anamnèse et l'examen physique. Bien que certaines préoccupations concernant l'interprétation soient identifiées, une revue Cochrane de 2019 a révélé que la sensibilité et la spécificité de la TDM pour le diagnostic de l'appendicite aiguë chez l'adulte étaient élevées. [49] Les inquiétudes concernant les radiations tendent à limiter l'utilisation de la tomodensitométrie chez les femmes enceintes et les enfants, en particulier avec l'utilisation de plus en plus répandue de l'IRM. [50] [51]

Le diagnostic précis de l'appendicite est à plusieurs niveaux, la taille de l'appendice ayant la valeur prédictive positive la plus forte, tandis que les caractéristiques indirectes peuvent augmenter ou diminuer la sensibilité et la spécificité. Une taille supérieure à 6 mm est à la fois sensible à 95 % et spécifique de l'appendicite. [52]

Cependant, comme l'appendice peut être rempli de matières fécales, provoquant une distension intraluminale, ce critère a montré une utilité limitée dans les méta-analyses plus récentes. [53] C'est par opposition à l'échographie, dans laquelle la paroi de l'appendice peut être plus facilement distinguée des matières fécales intraluminales. Dans de tels scénarios, des caractéristiques auxiliaires telles qu'une augmentation de l'amélioration de la paroi par rapport à l'intestin adjacent et une inflammation de la graisse environnante, ou un échouage de la graisse, peuvent soutenir le diagnostic. Cependant, leur absence ne l'empêche pas. Dans les cas graves avec perforation, un phlegmon ou un abcès adjacent peut être observé. Une couche de liquide dense dans le bassin peut également en résulter, liée à un déversement de pus ou entérique. Lorsque les patients sont minces ou plus jeunes, l'absence relative de graisse peut rendre l'appendice et l'échouage de graisse environnant difficiles à voir. [53]

Imagerie par résonance magnétique Modifier

L'utilisation de l'imagerie par résonance magnétique (IRM) est devenue de plus en plus courante pour le diagnostic de l'appendicite chez les enfants et les patientes enceintes en raison de la dose de rayonnement qui, bien que présentant un risque presque négligeable chez les adultes en bonne santé, peut être nocive pour les enfants ou le bébé en développement. En cas de grossesse, il est plus utile au cours des deuxième et troisième trimestres, d'autant plus que l'élargissement de l'utérus déplace l'appendice, ce qui le rend difficile à trouver par échographie. L'échouage périappendiculaire qui se reflète en TDM par l'échouage de graisse en IRM apparaît comme un signal fluidique accru sur les séquences pondérées en T2. Les grossesses du premier trimestre ne sont généralement pas candidates à l'IRM, car le fœtus est toujours en cours d'organogenèse et il n'existe à ce jour aucune étude à long terme concernant ses risques potentiels ou ses effets secondaires. [54]

Radiographie Modifier

En général, la radiographie abdominale simple (RAP) n'est pas utile pour poser le diagnostic d'appendicite et ne doit pas être obtenue systématiquement chez une personne évaluée pour une appendicite. [55] [56] Les films abdominaux simples peuvent être utiles pour la détection de calculs urétéraux, d'obstruction de l'intestin grêle ou d'ulcère perforé, mais ces conditions sont rarement confondues avec l'appendicite. [57] Un fécalite opaque peut être identifié dans le quadrant inférieur droit chez moins de 5% des personnes évaluées pour une appendicite. [39] Un lavement baryté s'est avéré être un mauvais outil de diagnostic pour l'appendicite. Alors que l'échec de l'appendice à se remplir au cours d'un lavement baryté a été associé à une appendicite, jusqu'à 20 % des appendices normaux ne se remplissent pas. [57]

Systèmes de notation Modifier

Plusieurs systèmes de notation ont été développés pour tenter d'identifier les personnes susceptibles d'avoir une appendicite. Cependant, les performances de scores tels que le score d'Alvarado et le score d'appendicite pédiatrique sont variables. [58]

Le score d'Alvarado est le système de notation le plus connu. Un score inférieur à 5 suggère contre un diagnostic d'appendicite, alors qu'un score de 7 ou plus est prédictif d'une appendicite aiguë. Chez une personne avec un score équivoque de 5 ou 6, une tomodensitométrie ou un examen échographique peut être utilisé pour réduire le taux d'appendicectomie négative.

Score d'Alvarado
Douleur migratrice de la fosse iliaque droite 1 point
Anorexie 1 point
Nausée et vomissements 1 point
sensibilité de la fosse iliaque droite 2 points
Rebond de la sensibilité abdominale 1 point
Fièvre 1 point
Nombre élevé de globules blancs (leucocytose) 2 points
Décalage vers la gauche (neutrophiles segmentés) 1 point
Score total 10 points

Pathologie Modifier

Même pour l'appendicite cliniquement certaine, l'examen histopathologique de routine des pièces d'appendicectomie est utile pour identifier des pathologies insoupçonnées nécessitant une prise en charge postopératoire plus poussée. [59] Notamment, le cancer de l'appendice est trouvé accidentellement dans environ 1% des spécimens d'appendicectomie. [60]

Le diagnostic anatomopathologique de l'appendicite peut être posé par la détection d'un infiltrat neutrophile de la musculeuse.

La périappendicite, inflammation des tissus autour de l'appendice, est souvent associée à d'autres pathologies abdominales. [61]

Micrographie de l'appendicite et de la périappendicite. Tache H&E.

Micrographie d'appendicite montrant des neutrophiles dans la musculeuse. Tache H&E.

Appendicite aiguë suppurée avec perforation (à droite). Tache H&E.

  • Seuls les neutrophiles dans la lumière
  • Pas d'ulcération ni d'inflammation transmurale
  • Neutrophiles dans la muqueuse et éventuellement dans la sous-muqueuse
  • Ulcération muqueuse
  • Muqueuse terne
  • Navires de surface encombrés
  • Exsudat séreux fibropurulent dans les cas tardifs
  • Appendice dilaté
  • Neutrophiles dans la muqueuse, la sous-muqueuse et la musculeuse, potentiellement transmurale.
  • Inflammation étendue
  • Abcès généralement intra-muros
  • Peut-être thrombose vasculaire
  • Mur friable
  • Couleur violette, verte ou noire
  • Inflammation transmurale
  • Zones nécrotiques
  • Ulcération muqueuse étendue
  • La séreuse peut être congestionnée, terne et exsudative
  • Inflammation séreuse et sous-séreuse, pas plus loin que la musculeuse externe pour être appelée isolée
  • >10 éosinophiles/mm 2 dans la musculeuse.
  • Aucun changement conforme à d'autres types d'appendicite

Diagnostic différentiel Modifier

Enfants : gastro-entérite, adénite mésentérique, diverticulite de Meckel, invagination, purpura de Henoch-Schönlein, pneumonie lobaire, infection des voies urinaires (des douleurs abdominales en l'absence d'autres symptômes peuvent survenir chez les enfants atteints d'une infection urinaire), maladie de Crohn d'apparition récente ou rectocolite hémorragique, pancréatite , et les traumatismes abdominaux causés par la maltraitance des enfants, le syndrome d'obstruction intestinale distale chez les enfants atteints de fibrose kystique typhite chez les enfants atteints de leucémie.

Femmes : Un test de grossesse est important pour toutes les femmes en âge de procréer, car une grossesse extra-utérine peut présenter des signes et des symptômes similaires à ceux de l'appendicite. D'autres causes obstétricales/gynécologiques de douleurs abdominales similaires chez les femmes comprennent la maladie inflammatoire pelvienne, la torsion ovarienne, la ménarche, la dysménorrhée, l'endométriose et le Mittelschmerz (passage d'un ovule dans les ovaires environ deux semaines avant les règles). [63]

Le terme « pseudo-appendicite » est utilisé pour décrire une affection imitant l'appendicite. [64] Il peut être associé à Yersinia enterocolitica. [65]

L'appendicite aiguë [66] est généralement prise en charge chirurgicalement. Alors que les antibiotiques sont sûrs et efficaces pour traiter l'appendicite non compliquée, [7] [67] 26% des personnes ont eu une récidive dans l'année et ont nécessité une éventuelle appendicectomie. [68] Les antibiotiques sont moins efficaces si un appendicolithe est présent. [69] La chirurgie est l'approche standard de gestion de l'appendicite aiguë, cependant, la revue Cochrane de 2011 comparant l'appendicectomie aux traitements antibiotiques n'a pas été mise à jour et a été retirée. [70] Le rapport coût-efficacité de la chirurgie par rapport aux antibiotiques n'est pas clair. [71]

L'utilisation d'antibiotiques pour prévenir les complications postopératoires potentielles dans les procédures d'appendicectomie d'urgence est recommandée, et les antibiotiques sont efficaces lorsqu'ils sont administrés à une personne avant, pendant ou après la chirurgie. [72]

Douleur Modifier

Les analgésiques (comme la morphine) ne semblent pas affecter l'exactitude du diagnostic clinique de l'appendicite et doivent donc être administrés au début des soins du patient. [73] Historiquement, certains chirurgiens généralistes craignaient que les analgésiques n'affectent l'examen clinique chez les enfants, et certains ont recommandé qu'ils ne soient pas administrés tant que le chirurgien n'a pas pu examiner la personne. [73]

Chirurgie Modifier

La procédure chirurgicale pour l'ablation de l'appendice s'appelle une appendicectomie. L'appendicectomie peut être réalisée par chirurgie ouverte ou laparoscopique. L'appendicectomie laparoscopique présente plusieurs avantages par rapport à l'appendicectomie ouverte en tant qu'intervention pour l'appendicite aiguë. [74]

Appendicectomie ouverte Modifier

Pendant plus d'un siècle, la laparotomie (appendicectomie ouverte) a été le traitement standard de l'appendicite aiguë. [75] Cette procédure consiste en l'ablation de l'appendice infecté par une seule grande incision dans la partie inférieure droite de l'abdomen. [76] L'incision dans une laparotomie est généralement de 2 à 3 pouces (51 à 76 mm) de long.

Lors d'une appendicectomie ouverte, la personne suspectée d'appendicite est placée sous anesthésie générale pour maintenir les muscles complètement détendus et pour maintenir la personne inconsciente. L'incision mesure 76 mm de long et est pratiquée dans le bas-ventre droit, plusieurs pouces au-dessus de l'os de la hanche. Une fois que l'incision ouvre la cavité abdominale et que l'appendice est identifié, le chirurgien retire le tissu infecté et coupe l'appendice du tissu environnant. Après une inspection minutieuse et minutieuse de la zone infectée, et en s'assurant qu'il n'y a aucun signe que les tissus environnants sont endommagés ou infectés. En cas d'appendicite compliquée gérée par une appendicectomie ouverte d'urgence, un drainage abdominal (un tube temporaire de l'abdomen vers l'extérieur pour éviter la formation d'abcès) peut être mis en place, mais cela peut augmenter la durée d'hospitalisation. [77] Le chirurgien commencera à fermer l'incision. Cela signifie coudre les muscles et utiliser des agrafes chirurgicales ou des points de suture pour fermer la peau. Pour prévenir les infections, l'incision est recouverte d'un pansement stérile ou d'un adhésif chirurgical.

Appendicectomie laparoscopique Modifier

L'appendicectomie laparoscopique a été introduite en 1983 et est devenue une intervention de plus en plus répandue pour l'appendicite aiguë. [78] Cette procédure chirurgicale consiste à faire trois à quatre incisions dans l'abdomen, chacune de 0,25 à 0,5 pouces (6,4 à 12,7 mm) de long. Ce type d'appendicectomie est réalisé en insérant un outil chirurgical spécial appelé laparoscope dans l'une des incisions. Le laparoscope est connecté à un moniteur à l'extérieur du corps de la personne et il est conçu pour aider le chirurgien à inspecter la zone infectée de l'abdomen. Les deux autres incisions sont faites pour l'ablation spécifique de l'appendice à l'aide d'instruments chirurgicaux. La chirurgie laparoscopique nécessite une anesthésie générale et peut durer jusqu'à deux heures. L'appendicectomie laparoscopique présente plusieurs avantages par rapport à l'appendicectomie ouverte, notamment une récupération postopératoire plus courte, moins de douleur postopératoire et un taux d'infection du site opératoire superficiel plus faible. Cependant, la survenue d'un abcès intra-abdominal est presque trois fois plus fréquente dans l'appendicectomie laparoscopique que dans l'appendicectomie ouverte. [79]

Pré-chirurgie Modifier

Le traitement commence par empêcher la personne qui subira une intervention chirurgicale de manger ou de boire pendant une période donnée, généralement pendant la nuit. Une perfusion intraveineuse est utilisée pour hydrater la personne qui va subir une intervention chirurgicale. Les antibiotiques administrés par voie intraveineuse tels que la céfuroxime et le métronidazole peuvent être administrés tôt pour aider à tuer les bactéries et ainsi réduire la propagation de l'infection dans l'abdomen et les complications postopératoires dans l'abdomen ou la plaie. Les cas équivoques peuvent devenir plus difficiles à évaluer avec un traitement antibiotique et bénéficier d'examens en série. Si l'estomac est vide (pas de nourriture au cours des six dernières heures), une anesthésie générale est généralement utilisée. Sinon, une rachianesthésie peut être utilisée.

Une fois la décision d'effectuer une appendicectomie prise, la procédure de préparation prend environ une à deux heures. Pendant ce temps, le chirurgien expliquera la procédure chirurgicale et présentera les risques qui doivent être pris en compte lors de la réalisation d'une appendicectomie. (Avec toutes les chirurgies, il y a des risques qui doivent être évalués avant d'effectuer les procédures.) Les risques sont différents selon l'état de l'appendice. Si l'appendice ne s'est pas rompu, le taux de complications n'est que d'environ 3 % mais si l'appendice s'est rompu, le taux de complications s'élève à près de 59 %. [80] Les complications les plus courantes pouvant survenir sont la pneumonie, la hernie de l'incision, la thrombophlébite, les saignements et les adhérences. Les preuves indiquent qu'un retard dans l'obtention d'une intervention chirurgicale après l'admission n'entraîne aucune différence mesurable dans les résultats pour la personne atteinte d'appendicite. [81] [82]

Le chirurgien vous expliquera combien de temps le processus de récupération devrait prendre. Les poils de l'abdomen sont généralement retirés pour éviter les complications pouvant apparaître lors de l'incision.

Dans la plupart des cas, les patients qui subissent une intervention chirurgicale éprouvent des nausées et des vomissements qui nécessitent des médicaments avant la chirurgie. Des antibiotiques, ainsi que des analgésiques, peuvent être administrés avant les appendicectomies.

Après la chirurgie Modifier

La durée du séjour à l'hôpital varie généralement de quelques heures à quelques jours, mais peut atteindre quelques semaines en cas de complications. Le processus de récupération peut varier en fonction de la gravité de l'affection : si l'appendice s'est rompu ou non avant la chirurgie. La récupération chirurgicale de l'appendice est généralement beaucoup plus rapide si l'appendice ne s'est pas rompu. [83] Il est important que les personnes qui subissent une intervention chirurgicale respectent les conseils de leur médecin et limitent leur activité physique afin que les tissus puissent guérir plus rapidement. La récupération après une appendicectomie peut ne pas nécessiter de changement de régime ou de mode de vie.

La durée des séjours à l'hôpital pour une appendicite varie en fonction de la gravité de la maladie. Une étude menée aux États-Unis a révélé qu'en 2010, la durée moyenne d'hospitalisation pour l'appendicite était de 1,8 jours. Pour les séjours où l'appendice de la personne s'était rompu, la durée moyenne de séjour était de 5,2 jours. [13]

Après la chirurgie, le patient sera transféré dans une unité de soins post-anesthésie, afin que ses signes vitaux puissent être étroitement surveillés pour détecter les complications liées à l'anesthésie ou à la chirurgie. Des analgésiques peuvent être administrés si nécessaire. Une fois que les patients sont complètement réveillés, ils sont transférés dans une chambre d'hôpital pour récupérer. La plupart des individus se verront offrir des liquides clairs le lendemain de la chirurgie, puis passeront à un régime alimentaire régulier lorsque les intestins commenceront à fonctionner correctement. Il est recommandé aux patients de s'asseoir sur le bord du lit et de parcourir de courtes distances plusieurs fois par jour. Le déménagement est obligatoire et des analgésiques peuvent être administrés si nécessaire. Le rétablissement complet des appendicectomies prend environ quatre à six semaines, mais peut être prolongé jusqu'à huit semaines si l'appendice s'était rompu.

La plupart des personnes souffrant d'appendicite se rétablissent rapidement après un traitement chirurgical, mais des complications peuvent survenir si le traitement est retardé et si une péritonite survient. Le temps de récupération dépend de l'âge, de l'état, des complications et d'autres circonstances, y compris la quantité de consommation d'alcool, mais se situe généralement entre 10 et 28 jours. Pour les jeunes enfants (une dizaine d'années environ), la convalescence prend trois semaines.

La possibilité d'une péritonite est la raison pour laquelle l'appendicite aiguë justifie une évaluation et un traitement rapides. Les personnes suspectées d'appendicite peuvent devoir subir une évacuation médicale. Des appendicectomies ont parfois été effectuées dans des conditions d'urgence (c.

L'appendicite aiguë typique répond rapidement à l'appendicectomie et se résout parfois spontanément. Si l'appendicite se résout spontanément, il reste controversé de savoir si une appendicectomie d'intervalle élective doit être effectuée pour prévenir un épisode récurrent d'appendicite. L'appendicite atypique (associée à l'appendicite suppurée) est plus difficile à diagnostiquer et est plus susceptible d'être compliquée même lorsqu'elle est opérée tôt. Dans les deux cas, un diagnostic rapide et une appendicectomie donnent les meilleurs résultats avec un rétablissement complet en deux à quatre semaines habituellement. La mortalité et les complications graves sont inhabituelles mais surviennent, surtout si la péritonite persiste et n'est pas traitée.

On parle d'une autre entité connue sous le nom de masse appendiculaire. Cela se produit lorsque l'appendice n'est pas retiré au début de l'infection et que l'épiploon et l'intestin y adhèrent, formant une masse palpable. Pendant cette période, la chirurgie est risquée à moins qu'il y ait formation de pus évidente par fièvre et toxicité ou par USG. La gestion médicale traite la condition.

Une complication inhabituelle d'une appendicectomie est « l'appendicite du moignon » : l'inflammation se produit dans le moignon appendiculaire restant après une appendicectomie incomplète antérieure. [84] L'appendicite du moignon peut survenir des mois à des années après l'appendicectomie initiale et peut être identifiée avec des modalités d'imagerie comme l'échographie. [85]

L'appendicite est plus fréquente entre 5 et 40 ans. [87] En 2013, elle a entraîné 72 000 décès dans le monde, contre 88 000 en 1990. [88]

Aux États-Unis, il y a eu près de 293 000 hospitalisations pour appendicite en 2010. [13] L'appendicite est l'un des diagnostics les plus fréquents pour les visites aux urgences entraînant une hospitalisation chez les enfants âgés de 5 à 17 ans aux États-Unis. [89]


Structure et style d'écriture

I. Points généraux à considérer

Lorsque vous envisagez d'inclure du contenu dans une annexe, gardez à l'esprit les points suivants :

  1. Il est généralement recommandé d'inclure vos données brutes en annexe, en le présentant dans un format clair afin que le lecteur puisse revérifier vos résultats. Une autre option si vous disposez d'une grande quantité de données brutes est d'envisager de les mettre en ligne et de noter qu'il s'agit de l'annexe à votre document de recherche.
  2. Tous les tableaux et figures inclus dans l'annexe doivent être numérotés dans une séquence distincte du document principal. N'oubliez pas que les annexes contiennent des informations non essentielles qui, si elles étaient supprimées, ne diminueraient pas la capacité du lecteur à comprendre le problème de recherche étudié. C'est pourquoi les éléments non textuels ne doivent pas reprendre la numérotation séquentielle des éléments non textuels dans le corps de votre article.
  3. Si vous avez plus de trois annexes, envisagez de les énumérer sur une page séparée au début de votre article. Cela aidera le lecteur à savoir quelles informations sont incluses dans les annexes [énumérez toujours l'annexe ou les annexes dans une table des matières].
  4. L'annexe peut être un bon endroit pour mettre des cartes, des photographies, des diagrammes et d'autres images, si vous pensez que cela aidera le lecteur à comprendre le contenu de votre article, tout en gardant à l'esprit que l'étude doit être comprise sans eux.
  5. Une annexe doit être simplifiée et ne pas être chargée avec beaucoup d'informations. Si vous avez une annexe très longue et complexe, c'est une bonne idée de la diviser en annexes distinctes, permettant au lecteur de trouver rapidement les informations pertinentes car elles sont couvertes dans le corps du document.

Ne jamais inclure une annexe qui n'est pas mentionnée dans le texte. Toutes les annexes doivent être résumées dans votre document lorsqu'elles sont pertinentes par rapport au contenu. Les annexes doivent également être organisées de manière séquentielle selon l'ordre dans lequel elles ont été référencées pour la première fois dans le texte [c.

Il existe très peu de règles concernant le type de matériel pouvant être inclus dans une annexe, mais voici quelques exemples courants :

  • Correspondance -- si votre recherche comprenait des collaborations avec d'autres ou des contacts avec d'autres, alors la correspondance sous forme de lettres, de mémorandums ou de copies d'e-mails de ceux avec qui vous avez interagi pourrait être incluse.
  • Transcriptions d'entrevue -- dans la recherche qualitative, les entretiens avec les répondants sont souvent utilisés pour recueillir des informations. La transcription complète d'un entretien est importante pour que le lecteur puisse lire l'intégralité du dialogue entre le chercheur et le répondant. Le protocole d'entretien [liste de questions] doit également être inclus.
  • Éléments non textuels -- comme indiqué ci-dessus, s'il y a beaucoup d'éléments non textuels, tels que des figures, des tableaux, des cartes, des graphiques, des photographies, des dessins ou des graphiques, pensez à mettre en évidence des exemples dans le texte de l'article mais incluez le reste dans une annexe.
  • Questionnaires ou sondages -- il s'agit d'une forme courante de collecte de données. Incluez toujours l'instrument d'enquête ou les questionnaires dans une annexe afin que le lecteur comprenne non seulement les questions posées, mais l'ordre dans lequel elles ont été posées. Include all variations of the instruments as well if different items were sent to different groups [e.g., those given to teachers and those given to administrators] .
  • Raw statistical data &ndash this can include any numerical data that is too lengthy to include in charts or tables in its entirety within the text. This is important because the entire source of data should be included even if you are referring to only certain parts of a chart or table in the text of your paper.
  • Research instruments -- if you used a camera, or a recorder, or some other device to gather information and it is important for the reader to understand how, when, and/or where that device was used.
  • Sample calculations &ndash this can include quantitative research formulas or detailed descriptions of how calculations were used to determine relationships and significance.

REMARQUE: Appendices should not be a dumping ground for information. Do not include vague or irrelevant information in an appendix this additional information will not help the reader&rsquos overall understanding and interpretation of your research and may only distract the reader from understanding the significance of your overall study.

ANOTHER NOTE : Appendices are intended to provide supplementary information that you have gathered or created it is not intended to replicate or provide a copy of the work of others. For example, if you need to contrast the techniques of analysis used by other authors with your own method of analysis, summarize that information, and cite to the original work. In this case, a citation to the original work is sufficient enough to lead the reader to where you got the information. You do not need to provide a copy of this in an appendix.

Here are some general guideline on how to format appendices. If needed, consult the writing style guide [e.g., APA, MLS, Chicago] your professor wants you to use for more detail:

  • Appendices may precede or follow your list of references.
  • Each appendix begins on a new page.
  • The order they are presented is dictated by the order they are mentioned in the text of your research paper.
  • The heading should be "Appendix," followed by a letter or number [e.g., "Appendix A" or "Appendix 1"], centered and written in bold type.
  • If there is a table of contents, the appendices must be listed.
  • The page number(s) of the appendix/appendices will continue on with the numbering from the last page of the text.

Appendices. The Structure, Format, Content, and Style of a Journal-Style Scientific Paper. Department of Biology. Bates College Appendices. Academic Skills Office, University of New England Annexes. Writing Center, Walden University Chapter 12, "Use of Appendices." In Guide to Effective Grant Writing: How to Write a Successful NIH Grant. Otto O. Yang. (New York: Kluwer Academic, 2005), pp. 55-57 Tables, Appendices, Footnotes and Endnotes. The Writing Lab and The OWL. Purdue University Lunsford, Andrea A. and Robert Connors. The St. Martin's Handbook. New York: St. Martin's Press, 1989 What To Know About The Purpose And Format Of A Research Paper Appendix. LoyolaCollegeCulion.com.


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Clark, M.A., Douglas, M., & Choi, J. (2018) (2019). Biologie 2e. Houston, Texas: OpenStax. Creative Commons Attribution License 4.0

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Plan of Research:

In this thesis, I will compare the cranial anatomy of A. cacatuoides to that of “Cichlasoma” (Archocentrus) nigrofasciatum, a commonly bred fish reared by aquarists known as the Convict Cichlid, a “typical” medium-sized cichlid also of South American origin. The Convicts will be examined at various stages in development, from juvenile to adult, and will be compared to A.cacatuoides.

The first part of this project will involve whole mount preparation of A. cacatuoides, utilizing the staining and clearing procedures described by Taylor and Van Dyke, 1985. This procedure involves the use of Alizarin Red and Alcian Blue to stain bone and cartilage, and takes into account the adaptations and recommendations Proposed in an earlier paper (Hanken and Wassersug 1981). The Taylor and Van Dyke procedure is specifically for the staining and clearing of small fish and other vertebrates. I tested the procedure during last semester¹s Independent Study and made a few minor adjustments to the protocol.

First, the specimens will be placed serially into an absolute ethyl alcohol solution and stained with Alcian Blue. The fish will then be neutralized in a saturated borax solution, transferred to a 20% hydrogen peroxide solution in potassium hydroxide, and then bleached under a fluorescent light. The unwanted soft tissues will then be cleared using trypsin powder, and then stained in KOH again with alizarin red. The final preparation of the fish involves rinsing the fish, and placing them serially into 40%, 70%, and finally 100% glycerin.

Following the above preparation of the specimens, the crania of the A. cacatuoides specimens will be examined for morphological variation and compared to the cranial anatomy of the Convict cichlid as a progenitor reference point examined at various developmental stages to see if paedomorphosis in indeed the mechanism of miniaturization in A. cacatuoides.


Vermiform appendix

The longtime justice, appointed by President Clinton, added a lengthy appendix of evidence he found relevant to his dissent.

Things go well until Oscar the Grouch is diagnosed with a burst appendix and Romney discovers he is uninsured.

That appendix is taken more seriously because it is between the covers of a holy book.

Comes with the funniest footnotes and appendix (no kidding) ever written.

The procedure is now the most common surgery performed in the U.S.—more common than getting your tonsils or appendix removed.

I shall then give an account of my various excursions in an Appendix, and afterwards resume the thread of my journal.

The geological character of this rock is more fully treated upon in the Appendix by my friend Dr. Fitton.

See Appendix I for the exact facts which were not known to me until long afterwards.

Mr. Brae, in the Appendix to his edition of Chaucer's Astrolabe (p. 101), has a long note on the present passage.


Implementing the New Biology: Decadal Challenges Linking Food, Energy, and the Environment: Summary of a Workshop, June 3-4, 2010 (2010)

Keith Yamamoto, Ph.D. (NAS/IOM), chaise, is professor of cellular and molecular pharmacology and executive vice dean of the School of Medicine at the University of California, San Francisco (UCSF). He has been a member of the UCSF faculty since 1976, serving as director of the Program in Biomedical Science&rsquos (PIBS) Graduate Program in Biochemistry and Molecular Biology (1988-2003), vice chair of the Department of Biochemistry and Biophysics (1985-1994), chair of the Department of Cellular and Molecular Pharmacology (1994-2003), and vice dean for research, School of Medicine (2002-2003). Dr. Yamamoto&rsquos research is focused on signaling and transcriptional regulation by intracellular receptors, which mediate the actions of several classes of essential hormones and cellular signals he uses both mechanistic and systems approaches to pursue these problems in pure molecules, cells, and whole organisms. Dr. Yamamoto was a founding editor of Biologie moléculaire de la cellule and serves on numerous editorial boards, scientific advisory boards, and national committees focused on public and scientific policy, public understanding and support of biological research, and science education he has served on the Coalition for the Life Sciences (formerly the Joint Steering Committee for Public Policy) since 1996. For the National Academy of Sciences, he chairs the Board on Life Sciences. Dr. Yamamoto has long been involved in the process of peer review and the policies that govern it at the National Institutes of Health (NIH), serving as chair of the Molecular Biology Study Section, member of the NIH Director&rsquos Working Group on the Division of Research Grants, chair of the Advisory Committee to the NIH Center

for Scientific Review (CSR), member of the NIH Director&rsquos Peer Review Oversight Group, member of the CSR Panel on Scientific Boundaries for Review, member of the Advisory Committee to the NIH Director, co-chair of the Working Group to Enhance NIH Peer Review, and co-chair of the Review Committee for the Transformational R01 Award. Dr. Yamamoto was elected as a member of the American Academy of Arts and Sciences in 1988, the National Academy of Sciences in 1989, the Institute of Medicine in 2003, and a fellow of the American Association for the Advancement of Sciences in 2002.

Vicki L. Chandler, Ph.D. (NAS) is the chief program officer for science at the Gordon & Betty Moore Foundation in Palo Alto, California. She also maintains an active research program at the University of Arizona-Tucson, where she is a Regents&rsquo Professor in the Departments of Plant Sciences and Molecular and Cellular Biology and a member of the BIO5 Institute. She holds the Carl E. and Patricia Weiler Endowed Chair for Excellence in Agriculture and Life Sciences. Dr. Chandler received her B.A. from the University of California, Berkeley, and her Ph.D. from the University of California, San Francisco. She has conducted pioneering research on the control of gene expression in plants and animals. She has received numerous honors and awards including a Presidential Young Investigator Award, Searle Scholar Award, the National Science Foundation (NSF) Faculty Award for Women Scientists and Engineers, and the NIH Director&rsquos Pioneer Award. She was elected to the National Academy of Sciences in 2002. She has served extensively on national advisory boards and panels for NSF, the Department of Energy (DOE), NIH, and the Howard Hughes Medical Institute (HHMI). She served on the NSF Biological Directorate Advisory Committee from 2001to 2004 and served on the National Research Council (NRC) Committee on Defining and Advancing the Conceptual Basis of Biological Science. She has chaired or co-chaired national conferences for Keystone, the Federation of American Societies for Experimental Biology (FASEB), and the Gordon Research Conference (GRC), serving on the GRC board of trustees, and in 2001 as chair of the board. Dr. Chandler was elected to the International Society of Plant Molecular Biology Board of Directors 1999-2003 and elected president of the American Society of Plant Biologists for 2002. In 2007 she was elected to the Council of the National Academy of Sciences.

Christopher B. Field, Ph.D. (NAS) is the founding director of the Carnegie Institution&rsquos Department of Global Ecology, professor of biological sciences at Stanford University, and faculty director of Stanford&rsquos Jasper Ridge Biological Preserve. For most of the last two decades, Dr. Field has fostered the emergence of global ecology. His research emphasizes

ecological contributions across the range of earth science disciplines. Dr. Field and his colleagues have developed diverse approaches to quantifying large-scale ecosystem processes, using satellites, atmospheric data, models, and census data. They have explored local- and global-scale patterns of climate change impacts, vegetation-climate feedbacks, carbon cycle dynamics, primary production, forest management, and fire. At the ecosystem scale, Dr. Field has, for more than a decade, led major experiments on grassland responses to global change, experiments that integrate approaches from molecular biology to remote sensing. His activities in building the culture of global ecology include service on many national and international committees, including committees of the National Research Council, the International Geosphere-Biosphere Programme, and the Earth System Science Partnership. Dr. Field was a coordinating lead author for the fourth assessment report of the Intergovernmental Panel on Climate Change. He is a fellow of the Ecological Society of America&rsquos Aldo Leopold Leadership Program and a member of the U.S. National Academy of Sciences. He has served on the editorial boards of Écologie, Ecological Applications, Ecosystems, Biologie du changement global, et Actes de l'Académie nationale des sciences (PNAS). Dr. Field received his Ph.D. from Stanford in 1981 and has been at the Carnegie Institution since 1984. His recent priorities include high-performance &ldquogreen&rdquo laboratories, integrity in the use of science by governments, local efforts to reduce carbon emissions, ecological impacts of biofuels, and the future of scientific publishing.

Jeffrey I. Gordon, M.D. (NAS/IOM), is the Dr. Robert J. Glaser Distinguished University Professor and Director of the Center for Genome Sciences at Washington University School of Medicine. He received his A.B. in biology from Oberlin College and his M.D. from the University of Chicago. Dr. Gordon joined the faculty of Washington University in 1981, after completing his clinical training in internal medicine and gastroenterology. He has remained at Washington University for his entire professional career. From 1991 to 2004, he was head of the Department of Molecular Biology and Pharmacology. In 2004 he resigned as department head to become the first director of the newly founded Center for Genome Sciences. This new center represents an interdepartmental, interdisciplinary, and multigenerational intentional community of faculty, postdocs, and students who are geneticists, population biologists and biostatisticians, computational biologists and computer scientists, systems biologists and engineers, and microbiologists and ecologists. The focus of the center is on comparative genomics and biodiversity, plus systems biology (an emerging area that seeks to describe how complex networks of interacting genes, proteins, and metabolites function to maintain normal cells

and how these networks adapt to perturbations, including those brought about by various disease states). Dr. Gordon&rsquos lab studies the genomic and metabolic foundations of mutually beneficial host-microbial relationships in the human gut with an emphasis on the interrelationships between the gut microbiome, diet, and nutritional status. He has published more than 400 scientific papers and is named as inventor or co-inventor on 23 U.S. patents. He has received a number of honors in recognition of his scientific contributions, including election to the National Academy of Sciences, the Institute of Medicine, and the American Academy of Arts and Sciences.

Pedro A. Sanchez, Ph.D., is director of tropical agriculture and senior research scholar at the Earth Institute of Columbia University in New York City. He serves as co-chair of the Hunger Task Force of the Millennium Project, an advisory body to the United Nations. Sanchez served as director general of the World Agroforestry Center (ICRAF) headquartered in Nairobi, Kenya, from 1991 to 2001. He is also professor emeritus of soil science and forestry at North Carolina State University and was a visiting professor at the University of California, Berkeley. He was named a MacArthur Foundation fellow in 2003 and received the World Food Prize in 2002. His professional career has been dedicated to improving the management of tropical soils through integrated natural resource management approaches to achieve food security and reduce rural poverty while protecting and enhancing the environment. Sanchez is author of Properties and Management of Soils of the Tropics (John Wiley and Sons 1976 rated among the top 10 best-selling books in soil science worldwide), and author of more than 200 scientific publications. He is a fellow of the American Society of Agronomy and the Soil Science Society of America. He has received decorations from the governments of Colombia and Peru and was awarded the International Soil Science Award and the International Service in Agronomy Award. In 2001, the Catholic University of Leuven, Belgium, awarded him a doctor honoris causa degree for his work on tropical soils in Africa and he was anointed as elder by the Luo community of Western Kenya, in recognition for his assistance in eliminating hunger from many villages in the region. A native of Cuba, he received his Ph.D. degree from Cornell University.

Christopher R. Somerville, Ph.D. (NAS), is the director of the Energy BioSciences Institute in Berkeley, California. He oversees all activities at the institute, including research, communication, education, and outreach. He also chairs the institute&rsquos Executive Committee. Dr. Somerville is a professor in the Department of Plant and Microbial Biology at the University of California, Berkeley, and a visiting scientist at the Lawrence

Berkeley National Laboratory. His research focuses on the characterization of proteins implicated in plant cell-wall synthesis and modification. He has published more than 200 scientific papers in plant and microbial genetics, genomics, biochemistry, and biotechnology. Dr. Somerville has served on the scientific advisory boards of many corporations, academic institutions, and private foundations in Europe and North America. He is a member of the National Academy of Sciences, the Royal Society of London, and the Royal Society of Canada.


Honors in the Biological Sciences

More than 30 percent of concentrators in the Biological Sciences earn honors each year. To be eligible for honors, students must meet Trois requirements:

1) Completion of an original research thesis that is recommended for honors by both the Thesis Advisor and Second Reader.

2) Formal and public présentation of the thesis (oral seminar or by poster presentation).

3) Demonstration of quality notes in the concentration.

The senior honors thesis is typically developed through a minimum of two, but more often three, semesters of research. Students intending to pursue a thesis in Biology often have a Brown faculty mentor and project secured in the summer prior to the senior year. Many students use UTRAs to help support research, though this is not the only mechanism of support. Often faculty members provide student support from their own grants. Students may also register for BIOL 1950/1960 independent study courses to support honors theses research, though this is not required. Please note that the Honors application process is séparé from the independent study BIOL 1950/1960 registration project proposal. The application for Honors is below.

Quality Grades

Students who have earned a majority of "A" grades in courses required for the concentration and who are are in good academic standing are eligible to apply for honors at the start of their penultimate (typically 7th) semester at Brown. Classes taken S/NC will count as qualifying towards that majority if they are marked "S* with distinction" indicating that had the student taken the course for a grade, the grade would have been an "A". Courses with a grade of S may be counted when a Course Performance Report indicates a grade of A. Students just shy of meeting the grade requirement for honors are encouraged to apply. Grades earned in penultimate semester concentration courses will be accounted for in the determination of quality grades made in the final semester.

Deadlines, and guidelines listed below apply to students in the following concentrations:

Biology AB

Biology ScB

Health & Human Biology AB

Biophysics ScB

Students concentrating in Biology AB, ScB, or Health & Human Biology are all eligible for Honors and the process is the same for each of those concentrations.

Concentrators in Biochemistry apply via Biochemistry advisors Applied Math-Biology students apply via Applied Mathematics Computational Biology students apply via CCMB Biomedical Engineering concentrators proceed via Engineering.

As per University policy, students may not use the same thesis to gain honors in more than one concentration. If pursuing honors in two concentrations, the theses must be fully distinct in content.

Thesis Advisor & Second Reader

The Thesis Advisor and Second Reader will evaluate and recommend the thesis for honors based on the criteria outlined below.

Les Thesis Advisor is the primary investigator who will mentor the project, and who will be available to the student in developing the thesis aims, designing methods, analyzing data, interpreting outcomes and casting the work in the context of the scholarly field(s) of relevance. The Thesis Advisor is also expected to guide the student in developing and delivering a polished final presentation of the thesis. The Thesis Advisor should be a Brown faculty member, usually but not always, from the Division of Biology and Medicine.

Les Second Reader will be a faculty member or associated scientist who is identified by the student, in consult with the Thesis Advisor, as appropriate to review the work. The Second Reader will evaluate the thesis, and provide an evaluation of the work. Second Readers should be acquainted with the field of research described by the project, and be willing and able to provide input and critique that will challenge and strengthen the thesis. The Second Reader should be at the doctoral level and ideally ne pas from the same laboratory or research group where the project originates.

Honors Deadlines

Application for Honors

Students should complete the Honors Proposal Application in collaboration with the Thesis Advisor and Second Reader. Both advisor signatures are due at the application proposal deadline (below). Please save your completed application as a pdf and email your Thesis Advisor and Second Reader for their electronic signatures. Please submit your completed and signed application and deliver to the BUE office or send via email to [email protected] . If you're unable to secure electronic signatures please have your advisors email their intent to act as your advisor and/or reader to Michelle Leiber at the email listed above.

Thesis Presentation

Presentation of the thesis can be fulfilled by participation in the Annual Biology Senior Research, Capstone, and Declaration Day or an arranged oral seminar. If the oral seminar format is chosen the student will make scheduling arrangements with guidance from the Thesis Advisor. The oral presentation should be scheduled early to mid-March in order to meet the Thesis Advisor and Second Reader Final Evaluation Deadline.

While formal presentation of the thesis is required, there is not a specific set of criteria for evaluation. Advisors have the opportunity to comment on the presentation in the formal evaluation. Advisors should develop a mentoring plan to teach students about the various approaches to presenting scientific research. Opportunities for students to practice the presentation, receive, and incorporate feedback is especially helpful and encouraged.

Biology honors applicants are required to present their thesis research and senior capstone students are encouraged to do the same (though this is not a requirement). The Program in Biology will host the Annual Biology Senior Research, Capstone, and Declaration Day event in April 2022. Please check back here or email [email protected] for the upcoming date.

Final Thesis Submission

BUE submission instructions:

1. Email a copy of the final thesis to [email protected] as a single pdf document. The format of the thesis is determined by the faculty advisor and student. The pdf file name should be the student’s first name initial(s) in all caps, followed by the last name (no spaces). For example, Dean Smith’s thesis file name would read KFSmith.pdf. The BUE Office will maintain a copy of the thesis for programming purposes. The thesis will not be shared or made public without the student’s permission.

2. The email subject heading should read: Honors thesis for BUE filing only.

Thesis Evaluation for Honors

The Thesis Advisor and Second Reader will evaluate and recommend the thesis for honors based on the criteria outlined below. An electronic honors evaluation form will be provided directly, via email, to the Thesis Advisor and Second Reader by the Office of Biology Undergraduate Education. This form will be sent well in advance of the final evaluation due date (below). It is up to the student and Thesis Advisors to develop internal project deadlines for submitting drafts and final copies of the thesis so there is time for revisions, as well as formal presentation of your honors thesis (poster/oral) so that the final evaluation can be submitted. The entire thesis presentation should be delivered prior to the final evaluation deadline. Please adhere to the BUE internal deadlines below.

Students graduating in May:

First Monday in October
October 4, 2021

Fourth Friday in March
April 22, 2022

Students graduating in December*:

- Honors Application Due Date
Thesis Advisor and Second Reader approval signature required

First Friday in March
March 5, 2021

First Friday in December
December 3, 2021

Thesis Guidelines & Expectations

A senior honors thesis in Biology is a substantial body of original scholarly research. Successful theses can be grounded in a number of methodological approaches including bench or field research, clinical study, mathematical models, computer simulations, meta-analyses that test hypotheses or yield new synthesis in a scholarly context. Regardless of the approach, successful theses will be inquiry-based and demonstrate contextual understanding of the work, formal assessment of scientific information, critical thinking, clear communication and a high level of independence.

Faculty Advisors recommend the thesis for honors based on the following criteria:

1) The writing, format, and presentation of the thesis are appropriate for the intended audience.

2) The introduction of the thesis offers a formal review of the literature that presents the state of the field to date, and in doing so sets up a clear argument for the value of the work presented.

3) The introduction of the thesis offers a clearly articulated goal, aim, question, and /or hypothesis to be tested.

4) The methods and analyses selected are clearly justified.

5) Results are interpreted appropriately and based on the analyses presented in the methods.

6) The discussion section offers a compelling consideration of a) unexpected findings or challenges during the research process that may have influenced the results, b) implications of overall findings and their impact on the relevant field(s), c) future directions / next steps.

Thesis Form and Format

A thesis in Biology, Health & Human Biology, and Biophysics make take a variety of forms and formats. It is up to the honors candidate and Thesis Advisors to determine the specific expectations for the final thesis form and format. Elements of a thesis in Biology vary greatly depending on the nature of the project, the specific sub-field, and the student's learning goals. Communication about these expectations should be clearly articulated and agreed upon early in the research process. A common choice is for students to prepare the thesis as if they were to submit the work to a peer-reviewed journal. This approach offers the opportunity for students to experience the first step of the publication process. Another option is to prepare the thesis manuscript following the dissertation guidelines set forth by Brown's Graduate School. Previous students have found this useful in preparing for doctoral or master's research programs. Students and Advisors may also look to Brown University's Digital Repository of Undergraduate Theses in Biology for examples of formatting previously followed. Regardless of format, a thesis in Biology, Health & Human Biology, and Biophysics will exhibit the highest quality writing, novel content, context of findings, and documentation of sources expected at the undergraduate level. STEM theses generally include an abstract, robust introduction, complete methods, results, full discussion & conclusion, a complete list of references that illustrate the state of the field of relevance, clear figures and tables with appropriate captions, and necessary appendices. Regardless of format, a thesis in Biology, Health & Human Biology, and Biophysics will exhibit the highest quality writing, clear articulation of the state of the field relevant to the work, novel content, context of findings, and documentation of sources expected at the undergraduate level.

Challenges

“There is no such thing as a failed experiment, only experiments with unexpected outcomes (Richard Buckminster Fuller).”

Science does not always go as planned. Methodological hurdles and insignificant results are common experiences of researchers at every stage. Regular communication with the Thesis Advisors is essential for navigating hurdles that arise during the research process. Students with an approved application to the honors program are encouraged to submit the thesis even when challenges occur along the way. When outcomes are not as planned the student and Advisors are encouraged to work together to develop a new plan for presenting the work in the form of a formal thesis. Indeed, there is great value in presenting work completed and formally discussing challenges, unexpected outcomes, and insignificant findings. Dean Smith is available to assist with planning during this process and to discuss alternative means of evaluation as necessary.


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