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Ma course BRIG est étrangement rapide. Quelle est la durée typique d'une course ?

Ma course BRIG est étrangement rapide. Quelle est la durée typique d'une course ?


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J'utilise le programme BRIG (BLAST Ring Image Generator) pour comparer les génomes des procaryotes. Il exécute un BLAST+ local et visualise les résultats sous forme d'anneaux autour du génome de référence. J'ai téléchargé trois génomes (environ 5 millions à environ 5,5 millions de paires de bases) depuis le NCBI pour tester l'application. Il n'a fallu que 5 à 10 minutes à BRIG pour terminer. D'après mon expérience personnelle, BLAST n'est jamais aussi rapide. Certainement pas en comparant des génomes entiers. Je suis également tout à fait sûr que mon ordinateur n'est pas aussi rapide et que changer les paramètres de BLAST ne fait pas beaucoup de différence. Le rendu semble cependant bon.

Mon entrée est-elle juste petite, mon PC est-il meilleur que ce que je sais ou est-ce quelque chose dont je ne suis pas au courant ?

Quel serait le temps typique pour une course de cette ampleur?


Sources:
Site Web BRIG
Génomes utilisés :

  • Adhésion : BA000007.2 IG : 47118301
  • Adhésion : AE006468.2 IG : 973795115
  • Adhésion : AL513382.1 IG : 30407157


Voir la vidéo: Wreckfest carriere episode 2: Ce nétait pas ma course.. (Février 2023).